Negli ultimi anni c’è stato un crescente interesse nel caratterizzare la comunità microbica associata alla vite potendo valorizzare i microrganismi che sono meglio adattati alle nicchie ecologiche in cui devono essere applicati.  

Le nuove tecnologie di sequenziamento massale (NGS) rendono più efficace lo studio delle comunità microbiche, permettendo di derivare informazioni di tipo quali-quantitativo. In effetti, il sequenziamento degli ampliconi ITS1 suggerisce che la composizione delle comunità endofitiche è significativamente diversa nelle viti che mostrano sintomi differenti, tuttavia, lle conoscenze disponibili sul microbioma associato alle GTDs sono riferibili a studi effettuati su vite a uva da vino mentre quelle riferibili a vite da tavola e in vivaio sono estremamente scarse, così come modeste sono le informazioni sulla resilienza delle piante di vite alla pressione esercitata da questi patogeni sistemici, in particolare in annate estreme come quelle che negli ultimi anni si stanno susseguendo.